ในปัจจุบันชาวญี่ปุ่นนับถือพระพุทธศาสนาควบคู่ไปกับชินโต พระพุทธศาสนาแบ่งออกเป็นหลายนิกาย นิกายที่สำคัญมี 5 นิกาย ดังนี้

• นิกายเทนได (เทียนไท้)
  พระไซโจ (เด็งกะโยไดชิ) เป็นผู้ตั้ง มีหลักคำสอนเป็นหลักธรรมชั้นสูง ส่งเสริมให้บูชาพระพุทธเจ้าองค์ปัจจุบันและพระโพธิสัตว์


• นิกายชินงอน
  พระกุไก หรือโกโบไดชิ เป็นผู้ตั้งในเวลาใกล้เคียงกับนิกายเทนได มีหลักคำสอนตามนิกายตันตระ สอนให้คนบรรลุโพธิญาณด้วยการสวดมนต์อ้อนวอน ถือคัมภีร์มหาไวโรจนสูตรเป็นสำคัญ


• นิกายโจโด (สุขาวดี)
  โฮเนน เป็นผู้ตั้งเมื่อ พ.ศ. 1718 นิกายนี้สอนว่า สุขาวดีเป็นแดนอมตสุขผู้จะไปถึงได้ด้วยออกพระนามพระอมิตาภพุทธะ นิกายนี้มีนิกายย่อยอีกมาก เช่น โจโดชิน (สุขาวดีแท้) ตั้งโดยชินแรน มีคติว่า ฮิโชฮิโชกุ ไม่มีพระไม่มีฆราวาส ทำให้พระในนิกายนี้มีภรรยาได้ฉันเนื้อได้ มีความเป็นอยู่คล้ายฆราวาส


• นิกายเซน (ธยาน หรือ ฌาน)
  นิกายนี้ถือว่า ทุกคนมีธาตุพุทธะอยู่ในตัว ทำอย่างไรจึงจะให้ธาตุพุทธะนี้ปรากฏออกมาได้ โดยความสามารถของตัวเอง สอนให้ดำเนินชีวิตอย่างง่าย ให้เข้าถึงโพธิญาณอย่างฉับพลัน นิกายนี้คนชั้นสูง และพวกนักรบนิยมมาก เป็นต้นกำเนิดของลัทธิบูชิโด นับถือพระโพธิธรรมผู้เผยแพร่ในประเทศจีน


• นิกายนิชิเรน
  พระนิชิเรนไดโชนิน เป็นผู้ตั้ง นับถือสัทธรรมปุณฑริกสูตรอย่างเดียว โดยภาวนาว่า นัม เมียว โฮ เร็ง เง เคียว (นโม สทฺธมฺมปุณฺฑริก สุตฺตสฺส ขอนอบน้อมแด่ สัทธรรม ปุณฑริกสูตร) เมื่อเปล่งคำนี้ออกมาด้วยความรู้สึกว่ามีตัวธาตุพุทธะอยู่ในใจ ก็บรรลุพุทธภาวะได้ ปัจจุบันมีนิกายนิชิเรนโชชูเป็นนิกายที่สืบทอดมาโดยตรง และมีนิกายแตกย่อยมาอีก โดยมีกลุ่มสมาคมสร้างคุณค่า หรือ สมาคมโซคา ที่ไม่อยู่สังกัดนิกายใด มีสมาชิกมากกว่า12ล้านครอบครัวใน192ประเทศเขตแคว้น